Müzik Doktora Programı müzik alanında bilimsel araştırmalarda bulunarak mevcut tezleri, teorileri ve tasarımları sorgulayan, yeni araştırmalarla sentezleyen ve geliştiren, ya da yeni teoriler ve tasarımlar ortaya koyan müzik bilimcileri yetiştirmeyi amaçlamaktadır. Programa kabul edilen öğrenciler MİAM lisansüstü ders programından ve tercihe bağlı olarak diğer üniversite içi ve dışı lisansüstü ders programlarından dersler alarak araştırmalarının ve tezlerinin bilimsel altyapısını oluştururlar. Tez konuları hakkında ve müzik alanında teorik ve pratik bilgilerinin ölçüldüğü doktora yeterlik sınavından sonra öğrenciler doktora tezi yazarak mezun olurlar.